经过了一天的协商之后，荷兰殖民政府在英国的压力下，终于答应了华东政府的要求，让爪哇华人全面进入殖民政府中任职，但也提出了一个条件，就是在爪哇行政体系中的华人比例，不能超过三成，因为这样可以保持荷兰在政府中的绝对多数，确实爪哇的行政依然控制在荷兰手里，这也是荷兰方面的底线了。
于是双方又经过了3天的协商，反复的讨价还价之后，最终确定，在行政体系中，华人在总督府的8个部门中可以占2个部门，而每个部门的工作人员都全由华人担任；在立法体系中，华人将可以得到5个理事的席位；而在司法体系中，华人可以获得1个法官的席位，并且在警察体系中，占约3成的比例。
总体来看，双方对这个比例的分配都比较满意，荷兰殖民者终于保持了在爪哇的主导地位；而对爪哇华人来说，也是可以接受的结果，毕竟不可能一下子就达到和荷兰人平起平坐，甚至凌架在荷兰之上的地步。虽然3成的人数不足是动摇荷兰人的地位，但如果运用得当，还是可以发挥相当大的作用。
如在立法体系中，5个理事的席位当然无法主导理事会的决议，但整个理事会并不是铁板一块，而是各方利益的交汇，从理论上说，如果政府的某项决议能够得到5个华人理事的支持，那么只用在剩下的15个理事中获得6个席位支持就可以获得多数优势，反之也亦然，这样5个华人理事席位做为政治交易，将具有极大的价值，而且其他体系中也是大同小易，当然要达到这个效果，前提是所有华人必须完全保持一致。
于是在接下来的在殖民政府中任职的华人如何产生的谈判讨论中，华东政府寸步不让，坚持要求在殖民政府中任职的华人必须由华人自行决定产生，殖民政府不得干涉。荷兰殖民政府最终只能接受这个条件，不过也提出自己的条件，就是只有爪哇华人才有资格参加选举，或是投票，同时政府指定的罪犯不得参加选举。这样将海外华人通过选举进入殖民政府的道路给封死了，也箅是荷兰人守住最后一块阵地。
对此华东政府到也没有异议，因为华东政府在短期内也没打算直接参与爪哇的政治，而是尽力在爪哇华人中培养自己的代理人，因此当然不会在这个问题上多做纠缠，不过华东政府要求在爪哇成立华人工会，负责管理在殖民政府中任职的华人产生工作，以及为华人提供必要的服务，当然并具有行政权力。
而荷兰殖民政府也答应了这个条件，毕竟条约签定之后，华人的政治地位必会大增，也确实要有一个组织，不仅负责管理在殖民政府中任职的华人产生，同时也便于对华人的管理。
双方最终决定，给爪哇华人5个月的准备时间，完成华人工会的成立，以及在殖民政府中任职华人的产生，在10月份正式上任，开展工作。
最后华东政府又提出，在爪哇设立办事处，协调处理华东政府和爪哇华人，以及荷兰殖民政府的各项关系。这个要求也十分合理，荷兰殖民政府尽管不愿意，但也没有拒绝的理由。
就这样华东政府和荷兰殖民政府终于完成了谈判，最终签定了【巴达维亚条约】。华东政府不仅获得了650万英磅的赔款，而且是继郑和七下西洋之后，中国的势力第一次伸入东南亚地区，并且由至获得了广大南洋华侨的支持，其影响力极为深远，一直到若干年之后，再充份的显现出来。
当然，对英国政府来说避免了和华东政府彻底决裂，还可以全力遏制俄国的扩张，同时又暂时将华东政府的势力挡在东南亚之外，也不失为为可以接受的结果。虽然按照【巴达维亚条约】的规定，爪哇华人可以在政治上取得很大的权力，但从总体来看，仍然还是由荷兰殖民者在政府中占主导地位，华人仅仅只能提升自己在爪哇的地位，但并不能左右爪哇的局势，而且这是唯一的可行办法，其他的条件都无法令双方都满意，至于荷兰殖民政府无法再向过去那样随意压迫华人，则不是英国考虑的问题。
尽管华东政府仍然可以借助爪哇华人的力量，以扶植代理人的方式向东南亚扩张，但那至少也是数年以后的事情，而当前英国主要的目标还是遏制俄国的扩张。根据英国政府的判断，对俄战争将在未来一、二年内发生，而集中日本、华东政府的力量，加上英国在背后支持，击败俄国的可能性很大，既然不能击败俄国，也能极大的削弱俄国的力量，令其无法再在远东扩张，而英国则可以视对俄战争的结果，再来确定应对华东政府的战略，慢慢将华东政府的力量挤出东南亚。
这次爪哇危机中最大的输家自然是荷兰，而这次失败也促使荷兰政府痛下决心，大力的发展海军，加强战斗力，以保护自己的海外利益。
不过这些都是以后的事情了，虽然签定了【巴达维亚条约】，但人民军并没有马上离开爪哇，因为现在还有许多善后的事情需要处理，因此双方约定，人民军将还在爪哇停留一个月的时间，处理其他的事情。
首先当然是荷兰殖政府的赔款，650万英磅也不是一个小数字，即使是荷兰殖民政府，也不是一下子就能拿出来的，因此还需要一段时间来筹集。而且殖民军队的俘虏还被人民军收押着，赔款不交付是不会轻易释放的。
不仅是殖民军队的俘虏，人民军还俘虏了约2500各土著士兵，而对这些俘虏的处理，穿越者和张秩君等爪哇华人代表协商之后，决定通知各部落，可以将这些俘虏赎回去，当然爪哇的土著部落也都不富裕，拿不出多少钱来，但可以用物品来交换，爪哇还是有不少土特产，都可以在中国国内买出好价钱。
不过就是这样，除了少数在部落中有一定地位的人之外，还是有2000多俘虏都没有被各部落赎走，结果最后人民军决定，将这一批俘虏都被安排在张家的农场里干活，为期为10年，工钱要比正常人工低一半，并直接交给华东政府的爪哇办事处。
除了这些之外，还有就是成立华东政府的爪哇办事处，商行等，当然还有爪哇的华人工会组建，以及在殖民政府里工作的华人如果推选。实际上爪哇华人对此没有多少经验，基本都是由穿越者设计各种组织运行制度，因为是刚刚成立，因此第一批工会的管理人员基本都是由华东政府直接指定，为期为一年，等一切运行都顺利之后，再通过制定的程序产生，而张秩君也十分自然的被华东政府指定为工会主席。
而还有一个最重要的事情，就是农场护卫队的处理。农场护卫队做为人民军的辅助力量，在爪哇的战斗中也发挥了重要的作用，前后共计招募了1275人，而在历次的战斗中，己阵亡了253人，剩下的1000多人应该怎样安置，有人就主张将农场护卫队解散，各人各归自家。
但穿越者却坚决反对解散农场护卫队，而是应该保留下来，作为爪哇华人能够掌控的一支武装力量，因为只有掌握武装力量，而且农场护卫队是经历过战争的历练，有相当的实战经验，既使穿越者不在爪哇，对殖民政府仍然可以保持一定的威摄力，当然在名议上仍然可以使用农场护卫队的名称，毕竟在爪哇各农场都会有自己的护卫队，而且人民军可以提供武器、训练和指挥。
张秩君对穿越者的建议表示了绝对支持，并且表示张家可以以开垦农场的名议，来安置这支农场护卫队，并且提供训练场所和经费，以及农场护卫队成员的薪酬等。不过穿越者还是决定，对现在农场护卫队的成员，还是采用自愿原则，原意留下来的可以留下，不原留下的也可以退出，而缺额可以另外再招募。
而最终选择留下来的约有800余人，因为在战争期间，农场护卫队的成员不仅接受军事训练，还也受到一些的思想教育训练，因此思想觉悟有一定的提高，更明白枪杆子的作用，只有手里有枪，才不怕被荷兰人或土著的欺负。而且人民军是相当重视强调军人的荣誉感，这种情绪也影响了农场护卫队的成员，他们也都以当军人为荣，这也是绝大多数成员愿意留下来的主要原因。
穿越者也对农场护卫队也进行了重新编制，认为规模可以保持在千人左右，同时任命张国平担任大队长，而护卫队将分成两部份，一部份聚集在一处进行训练，并且还预备给他们装备掷弹筒和60迫击炮，由人民军派人来对他们进行教导和指挥，当然也包括政治教育；另一部份则分散驻扎其他各农场，但只配备步枪和手枪，并且带领着其他农场的护卫队一起进行训练，然后定期进行轮换，这样到了需要的时候，可以在短时间内聚集起2-3000的军队来，足可以支持一阵。而且这并不限于张家的农场，其他华人的农场如果愿意，也可以加入进来，不过要担负驻农场的护卫队的费用。
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